Eu não sei muito sobre WinMD5Free v1.20 , mas o linux com sabor do Ubuntu vem com o comando md5sum para verificar essas coisas. Para verificar, por favor, faça:
md5sum kubuntu-16.04.3-desktop-amd64.iso
Em seguida, compare com o MD5SUM oficial aqui
Eu corri o meu em md5sum kubuntu-17.04-desktop-amd64.iso e correspondia com o encontrado aqui
Como o seu teste no Windows usa a ferramenta CertUtil inbuilt da seguinte forma:
CertUtil -hashfile C:\TEMP\MyDataFile.iso MD5
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