erro de sintaxe próximo ao token inesperado ('[fechado]

Question

Eu tenho esse problema no final da execução srst2 usando banco de dados de genes de resistência. Alguém pode por favor me avisar por que esse erro ocorreu e como resolvê-lo?

Comando:

###Type ResFinder Resistance Gene###
srst2 --samtools_args '\-A' --input_pe $readPair_1 $readPair_2 --output $argnnotres_outDir/$out_nameRES --log --save_scores --min_coverage 70 --max_divergence 30 --gene_db $AllDBdir/ResFinder.fasta

Saída:

sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token (' sh: -c: line 0:grep 69__mef(A)__mef(A)_3__1542 /testmount/efs/SharedData/Spn_Scripts_Reference-master/Spn_Reference_DB/ResFinder.fasta'
sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token (' sh: -c: line 0:grep 44__msr(D)__msr(D)_2__1944 /testmount/efs/SharedData/Spn_Scripts_Reference-master/Spn_Reference_DB/ResFinder.fasta'
sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token (' sh: -c: line 0:grep 70__mef(A)__mef(A)_10__1225 /testmount/efs/SharedData/Spn_Scripts_Reference-master/Spn_Reference_DB/ResFinder.fasta'

    

Answer 1

Tente colocar aspas nos argumentos do parâmetro. Você pode emitir um "set -x" antes do seu comando ou na cabeça do seu script para obter alguma depuração.