Isso não está funcionando porque não há servidores de nomes IPv6 definidos em /etc/resolv.conf. No caso do Ubuntu 16.04.3, a única entrada neste arquivo é
nameserver 127.0.1.1
e talvez um domínio de pesquisa.
Como "dig-6" usa apenas IPv6, simplesmente não há servidor de nomes para perguntar. Uma solução fácil seria deixar o dnsmasqd que está escutando na porta 53 no localhost IPv4 também escutar no endereço IPv6 localhost ":: 1/128" e adicionar o endereço IPv6 localhost também ao /etc/resolv.conf.