Instalação de versões mais novas do MEEP

Question

No meu laptop quando eu emito o sudo apt-get install meep-mpi-default , ele instala a versão 1.3 do MEEP. Tudo está bem até agora. Meu laptop tem o Ubuntu 16.04.2 LTS, codinome Xenial .

Quando executo o mesmo comando em uma estação de trabalho, ele instala a versão 1.2 do MEEP. Mas eu preciso de 1.3 na estação de trabalho. Estação de trabalho tem Ubuntu 14.04.5 LTS, codinome Trusty .

sudo apt-get update , sudo apt-get upgrade na estação de trabalho não estão ajudando. No aplicativo Software e Atualização, todas as caixas também são registradas.

    

Answer 1

Se não houver uma versão do MEEP no repositório oficial, considere instalá-la a partir da fonte, conforme indicado:

1. Para evitar o caso, se algo der errado, precisamos substituir o make install por checkinstall :

   sudo apt-get update && sudo apt-get install checkinstall
   

2. Dependências: Em uma janela do terminal, executamos:

   sudo apt-get install libtool* mpich-dev* lapack* guile-2.0 guile-2.0-dev readline-dev fftw3-* paraview hdf5-* gcc-c++ scalapack-* paraview*
   

3. Ambientes Variáveis: Em uma janela do terminal, executamos:

   gedit .bashrc
   

   Você pode usar outros editores de texto, se quiser. Mover para a última linha e terminar aqui:

   LDFLAGS="-L/usr/local/lib -lm" export LDFLAGS
   CPPFLAGS="-I/usr/local/include" export CPPFLAGS
   LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH" export LD_LIBRARY_PATH
   PATH=/lib64/mpich/bin:$PATH export PATH
   

   Crie o diretório t e digite:

   mkdir t
   cd t
   

4. Carregar, compilar e configurar a biblioteca FFTW com suporte de MPI. Esta biblioteca já foi definida em um estágio 1, mas a biblioteca hdf5, por algum motivo, não funciona corretamente. Portanto, é necessário compilá-lo e configurá-lo a partir dos códigos-fonte:

   Para este propósito, em uma janela do terminal, executamos:

   wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.8.14.tar.gz
   tar -xf hdf5-1.8.14.tar.gz
   cd hdf5-1.8.14
   CC=mpicc CXX=mpicxx F77=mpif77 ./configure –-enable-parallel –prefix=/usr/local
   make -j4
   sudo checkinstall
   cd ..
   

5. Biblioteca Libctl: No mesmo lugar que executamos:

   wget http://ab-initio.mit.edu/libctl/libctl-3.2.2.tar.gz
   tar -xf libctl-3.2.2.tar.gz
   cd libctl-3.2.2
   CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
   make -j4
   sudo checkinstall
   cd ..
   

6. MPB: Nós compilamos e configuramos sem suporte de MPI e OpenMP:

   wget http://ab-initio.mit.edu/mpb/mpb-1.5.tar.gz
   tar -xf mpb-1.5.tar.gz
   cd mpb-1.5/
   CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
   make -j4 
   sudo checkinstall
   make distclean
   

   Com suporte de MPI e OpenMP:

   CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure --with-mpi --with-openmp
   make -j4 
   sudo checkinstall
   cd ..
   

7. Harminv. Execute:

   wget http://ab-initio.mit.edu/harminv/harminv-1.4.tar.gz
   tar -xf harminv-1.4.tar.gz
   cd harminv-1.4/
   CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
   make
   sudo checkinstall
   cd ..
   

8. MEEP. Sem suporte de MPI e OpenMP:

   wget http://ab-initio.mit.edu/meep/meep-1.3.tar.gz
   tar -xf meep-1.3.tar.gz
   cd meep-1.3/
   CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
   make -j4
   sudo checkinstall
   make distclean
   

   Com suporte de MPI e OpenMP:

   CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure --with-mpi
   make -j4
   sudo checkinstall
   

9. h5utils. Os programas MPB e MEEP salvam os resultados dos cálculos em arquivos com expansão .h5. Nota: Este pacote (h5utils) compreende um conjunto de programas para trabalhar com arquivos h5, tais como h5tpl (para conversão de arquivos h5 para o formato gráfico png), h5tovtk (conversão para o formato vtk conveniente para exibição por meio do programa Paraview) e h5totxt (conversão para um formato de texto). Se não definir e usar esses programas, muitos resultados de cálculo estarão simplesmente indisponíveis para visualização.

   wget http://ab-initio.mit.edu/h5utils/h5utils-1.12.1.tar.gz
   tar -xf http://ab-initio.mit.edu/h5utils/h5utils-1.12.1.tar.gz
   cd h5utils-1.12.1
   CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
   make -j4 
   sudo checkinstall
   cd ..
   

   Se isso acontecer, a execução do comando "make-j4" foi interrompida com um erro "[writepng.o] of Error 1", então, em vez dos três últimos comandos que executamos:

   make h5totxt
   make h5tovtk
   sudo mv h5tovtk /usr/local/bin/
   sudo mv h5totxt /usr/local/bin/
   cd ..
   

Para mais informações, consulte this .

Fonte