Seria mais fácil especificar manualmente o caminho absoluto (usando nenhum símbolo relativo como ~ ) para o script.
Em vez de declarar o local como ~/path/to/program.sh , torne-o /home/username/path/to/program/sh .
Editar: se você não puder alterar o caminho definido, o ~ location será /root por padrão. Você pode mover seu script para esse caminho com
sudo mv ~/path/to/program.sh /root/