Tente mexer com diferentes configurações de saída.
output: What video system to use for output.
# Possible values: surface, overlay, opengl, openglnb.
Eu geralmente tive muita sorte com o OpenGL.
Não sei ao certo o que você quer dizer com "ter o dosbox executado automaticamente com alguns comandos". Eu estou supondo que você quer dizer o recurso autoexec encontrado na parte inferior do arquivo conf?
[autoexec]
# Lines in this section will be run at startup.
# You can put your MOUNT lines here.
Você pode criar arquivos de configuração para cada jogo copiando e renomeando o arquivo de configuração original. Em seguida, crie um script para executar seu jogo. Fazendo uso do comando
dosbox -conf /path/to/gameSpecificConfigFile