Eu não acho incomum. ~/.local/share/umake/bin é, claro, onde umake instala coisas, e ~/.local/bin é onde os comandos pip install --user acabam, e provavelmente outras coisas. ~/bin é adicionado ao PATH se você criar esse diretório. Se um usuário instalasse comandos nesses diretórios, eles esperariam razoavelmente que esses comandos tivessem precedência sobre os utilitários do sistema.
Por que ter tantos problemas, em vez de, digamos, editar seu ~/.bashrc para substituir ls por uma função?