Por que não apenas sair do console depois de iniciar o X?
sudo service lightdm start && exit
nohup startx; exit # send startx to background and exit
Observe que o problema que você descreve seria o mesmo de quando você faz login em qualquer outro TTY. Simplesmente mudar para algum TTY não (e IMO não deveria) te desconectar de outros TTYs onde você está logado.