Então, com a sugestão de Gunnar, percebo que posso usar o seguinte comando para redefinir a configuração de entrada do teclado.
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources sources "[('xkb', 'us'), ('ibus', 'libbopomofo')]"
onde string (dentro de aspas duplas) são os métodos de entrada que eu quero manter.
Mais uma vez, obrigado Gunnar.