Isso deve poder ser corrigido com facilidade pela GUI. Nenhum comando ou edição de arquivos deve ser necessária.
No Nautilus, você pode clicar com o botão direito do mouse no arquivo e escolher "Sobre" (ou algo similar) e definir arquivos .cpp para abrir em notepadqq em vez de gedit. Isso também deve funcionar se você clicar com o botão direito do mouse no arquivo enquanto estiver na área de trabalho.
Espero ter ajudado você!