A maneira mais fácil é instalar o grub na outra unidade, mas você não precisa fazer isso com a unidade do Ubuntu desconectada. Você pode correr
grub-install --root-directory=/mnt/sdX /dev/sdX
(Onde / mnt / sdX é onde a segunda unidade é montada e / dev / sdX é a segunda unidade)
para instalar o grub na segunda unidade do Ubuntu. Você também quer ter certeza de que sua bios irá inicializar a partir da segunda unidade, se o primeiro estiver faltando.