O JDownloader é um software de código aberto, o que significa que você pode inspecionar seu código-fonte para ver o que está infectado ou não.
No entanto, quando você está instalando a partir de um PPA de terceiros, isso significa que você deve confiar no proprietário desse repositório, porque o que você vai baixar e instalar já é compilar e empacotar arquivos binários que não tem como saber vai fazer no seu PC.
Se o programa principal é algum tipo de malware, então não há nada que você possa fazer, se você instalá-lo, será infectado.
Adware é um tipo de software que mostra anúncios ou alterações e instala outros softwares de publicidade em seu sistema, sem adware significa que não é esse tipo de programa.