/usr/libexec não existe no Ubuntu por padrão. Daí o erro é adequado. Seu livro pode estar um pouco desatualizado. Para citar este artigo :
Enter makewhatis. This command creates the whatis database files used by both apropos and whatis. They are located in each ../man directory and catalog the manual files in each of the individual cat? and man? subdirectories.
Se você ler o manual de whatis , verá que não é necessário fazer mais em sistemas modernos (ênfase adicionada):
index databases are used during the search, and are updated by the mandb program. Depending on your installation, this may be run by a periodic cron job, or may need to be run manually after new manual pages have been installed.