Por convenção, os scripts ./configure fornecem uma opção --prefix para isso. Então, por exemplo
./configure --prefix=/usr/local
ou
./configure --prefix=/opt
(para muito software, /usr/local é o padrão).
Normalmente, você pode executar ./configure --help para ver essa e outras opções que podem afetar o caminho da instalação, por exemplo,
$ ./configure --help | grep install
--prefix=PREFIX install architecture-independent files in PREFIX
--exec-prefix=EPREFIX install architecture-dependent files in EPREFIX
By default, 'make install' will install all the files in
an installation prefix other than '/usr/local' using '--prefix',
Fine tuning of the installation directories:
--program-prefix=PREFIX prepend PREFIX to installed program names
--program-suffix=SUFFIX append SUFFIX to installed program names
--program-transform-name=PROGRAM run sed PROGRAM on installed program names
--enable-fast-install[=PKGS]
optimize for fast installation [default=yes]