Acho que você usou sudo apt install ruby
para obter o ruby em seu sistema.
Que infelizmente está desatualizado e não é a melhor maneira de usar o rubi.
Tente remover completamente o seu rubi atual e reinstale-o usando rvm
ou rbenv
Você encontrará um guia passo a passo aqui .
PS: Você nunca deve executar o bundler como ROOT , Completamente removendo todas as gemas do sistema .