Você não pode fazer isso através do gerenciador de janelas (compiz). Isso poderia ser feito em um mecanismo de tema de widget (não tenho certeza se é possível apenas com CSS em um tema neste momento). O gerenciador de janelas não tem nenhum conhecimento sobre o conteúdo interno da janela (menu), portanto não saberia qual seção da janela deve piscar. Em um tema, você pode sobrescrever o desenho de cada item de menu individual no menu.
Um mecanismo de tema exigiria a gravação do código C. Se for possível com apenas CSS em um tema GTK +, pode ser feito dessa forma, no entanto. Observe que isso só funcionaria realmente em aplicativos que também usam o kit de ferramentas GTK +, não em todos os aplicativos (embora para aplicativos que têm seus principais menus exibidos na barra de título ou no painel superior, ele deve funcionar lá, mas não para aplicativos internos) menus em todos esses casos).