Eu tive o mesmo problema com espaços de trabalho do Unity / Compiz ... por exemplo: arrastando janelas entre espaços de trabalho causando congelamento.
Instalei recentemente o ambiente GNOME (ubuntu-gnome-desktop) (como todos nós estamos indo para o GNOME em 17.10). Com o GNOME, o gerenciador de exibição do gdm3 (não deixe de selecionar o gdm3 sobre o lightdm durante a instalação), e a falta de compiz, os espaços de trabalho funcionam bem lá. Altamente recomendado para resolver o seu problema.
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntu-gnome-desktop
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