Na minha experiência, atualizar ou substituir minha instalação anterior do Ubuntu desconsiderou meu método de particionamento anterior e construiu o seu próprio (usando o ext4, é claro).
Eu entraria na etapa de partição personalizada, depois selecionaria as partições uma por uma (o tamanho das partições é o mesmo da instalação antiga), atribuiria um sistema de arquivos e verificaria ' formato 'em cada um deles, exceto o espaço de troca (se você tiver). E lembre-se de atribuir o dispositivo correto para a instalação do carregador de inicialização!
Espero que isso ajude.