Você precisa adicionar %u ou %U (provavelmente a maiúscula) ao final do comando como um argumento - que passa no URI do arquivo a ser aberto para que ele saiba qual arquivo deve ser lido. Veja a pequena sinopse de texto acima da linha de comando que você está editando.
Portanto, se meu executável fosse foo.exe e meu arquivo estivesse em /tmp/blah.txt , o argumento %U acabaria sendo /tmp/blah.txt e o sistema executaria foo.exe /tmp/blah.txt em vez de apenas foo e abertura a aplicação e não o arquivo.
Um aviso: Você pode precisar fazer este wine /path/to/PDFXCview.exe %U se ele não for carregado normalmente - às vezes, executar dentro do Wine funciona quando, de outra forma, não funcionaria.