Este é um bug conhecido do Chromium e do Firefox. Ambos deixam essa sombra. Em bugs do Chromium você pode encontrar essa correção, mas não tenho certeza se vai ajudar:
gconftool-2 --set --type=float
/apps/compiz/plugins/decoration/allscreens/options/shadow_opacity 0.7
gconftool-2 --set --type=float
/apps/compiz/plugins/decoration/allscreens/options/shadow_radius 25.0
gconftool-2 --set --type=string
/apps/compiz/plugins/decoration/allscreens/options/shadow_color
/apps/compiz/plugins/decoration/allscreens/options/shadow_color #000000ff
gconftool-2 --set --type=int
/apps/compiz/plugins/decoration/allscreens/options/shadow_x_offset 0
gconftool-2 --set --type=int
/apps/compiz/plugins/decoration/allscreens/options/shadow_y_offset 5
gconftool-2 --set --type=string
/apps/compiz/plugins/decoration/allscreens/options/command /usr/bin/compiz-
decorator
gtk-window-decorator --replace 2>/dev/null 1>/dev/null & disown