Se você quiser sair de um aplicativo em execução do iniciador, clique com o botão direito do mouse nesse ícone e selecione Quit
.
Se você quiser remover um aplicativo fixado do iniciador, clique com o botão direito do mouse nesse ícone e selecione Unlock from Launcher
.
Atualização:
Não estou ciente de poder não exibir aplicativos desmarcados / em execução. No entanto, você pode ocultar automaticamente o iniciador para não precisar vê-los. Vá para Configurações do Sistema / Aparência / Comportamento e ative a ocultação automática.