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Vamos supor que você tenha comprado o computador com o Windows instalado no modo UEFI.
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Vamos supor também que você queira instalar o Ubuntu para esse computador em particular (não um sistema portátil, que pode funcionar em qualquer computador). Se isso não estiver correto, por favor, me diga, e eu vou mudar a resposta.
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Suponho também que você quer dizer espaço não alocado (fora de qualquer partição). Ou você quer dizer espaço livre dentro da partição de dados?
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A instalação no modo UEFI permitirá que você selecione partições (o padrão é uma partição raiz '/' e uma partição swap) onde você quiser e não há espaço não alocado ou partições preparadas para o Ubuntu. Mas ele selecionará a partição EFI já existente (no seu caso, na unidade do Windows).
Portanto, não há problema em instalar no espaço não alocado ao lado de sua partição de dados no segundo SSD.
Mas se você quiser jogar com segurança, deve fazer o backup de todos os arquivos realmente importantes em outras unidades, pois particionar e instalar sistemas operacionais é arriscado e é fácil cometer erros.
Inicialize a partir da unidade de instalação do Ubuntu e use gparted para criar uma partição raiz e uma partição swap para o Ubuntu. Se a unidade tiver uma tabela de partição MSDOS (não GPT), você pode começar criando uma partição estendida de todo o espaço livre e criar partições do Ubuntu dentro dela.
Inicie o instalador e, na janela de particionamento, selecione Algo mais alias de particionamento manual e selecione as partições que você preparou com o gparted. O bootloader irá automaticamente para a partição EFI existente.
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Isso pode funcionar diretamente ou você pode ter que corrigir a inicialização do UEFI dependendo do computador. Alguns sistemas UEFI não estão em conformidade com o padrão para UEFI e cria problemas com a inicialização dupla. Se houver problemas com a inicialização, especifique o nome e o modelo da marca do computador. Se houver problemas mais tarde, por exemplo, com os gráficos, especifique o chip / cartão gráfico (também nome da marca e modelo).
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Veja estes links e links deles para inicializar no modo UEFI.