Eu vou com o Ubuntu usei essas ferramentas apenas para criptografia de diretórios home e usa LUKS para criptografia de unidade inteira sua unidade persistirá sendo criptografada sem essas ferramentas.
não se preocupe apenas em removê-los e toda a sua unidade permanecerá funcional e criptografada
Pense nisso assim antes de descriptografar na inicialização, você não tem acesso a nenhum arquivo ou ferramenta com essa partição criptografada, o que torna impossível para o LUKS depender deles. Os LUKs usam o espaço lateral para funcionar antes da descriptografia.
Eu recomendaria o backup completo de todos os arquivos importantes antes de tentar remover a criptografia do diretório inicial. Você nunca sabe que é melhor estar seguro, então desculpe, mesmo que seja muito improvável.