Em um sistema com conectividade com a Internet, baixe os pacotes flex e bison:
apt-get download flex bison
Leve os arquivos deb (flex_2.6.0-11_amd64.deb e bison_2% 3a3.0.4.dfsg-1_amd64.deb) para o seu sistema fechado. Instale-os a partir de um terminal, cujo diretório atual é a localização dos arquivos deb:
sudo dpkg -i flex_2.6.0-11_amd64.deb
sudo dpkg -i bison_2%3a3.0.4.dfsg-1_amd64.deb
Se você tentou usar o Nautilus para instalar o pacote, a opção de menu "Clicar com Software Instalar" R. clica em exigir uma conexão de rede.