Uma abordagem menos técnica seria usar software de sincronização gui, como FreeFileSync (Comparação de pasta visual e sincronização)
Existe um ppa na barra de lançamento :
Coloque estas linhas em um terminal:
sudo add-apt-repository ppa:freefilesync/ffs
sudo apt-get update
sudo apt-get install freefilesync
Eu venho usando essa ferramenta com sucesso há alguns anos para fazer back-up e / ou sincronizar pastas no Windows e no Ubuntu.
Veja esta imagem que eu configurei exibindo o que ela faria na sua situação: