Você pode fazer isso de várias formas.
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Você pode limpar pacotes parciais usando o comando abaixo
sudo apt-get autoclean
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Você pode limpar automaticamente o cache do apt
sudo apt-get clean
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Você pode limpar todas as dependências não usadas
sudo apt-get autoremove
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Você pode usar ferramentas do sistema de limpeza como
- Ubuntu Tweak
- Varredor
- GCleaner
Espero que ele ajude você a executar seu computador sem problemas ...