Como a saída de apt list --installed | grep python3-click
,
python3-click-package/yakkety,now 0.4.45.1+16.10.20160916-0ubuntu1 amd64 [installed,automatic]
informa que o pacote está instalado, você só precisa da dependência anterior: python3-flask
.
Você pode baixar e instalar manualmente a partir aqui .