Você pode alterar as propriedades das notificações "pop-up" por meio das configurações "Notificações". Estas estão no separador Definições:
Alémdisso,vocêpodeinvocarissoatravésdoterminal,comoseguintecomando:
xfce4-notifyd-config
Ambasasalternativasabremaseguintejanela:
Isso tem basicamente tudo que você precisa.