Repita depois de mim:
O MySQL não está falhando.
Esta é uma condição comum, e "crashing" é um equívoco comum ... mas na realidade, o MySQL é quase certamente sendo morto pelo sistema por causa de uma grave condição de pouca memória, geralmente causada pelo Apache.
sudo egrep 'kernel|oom' /var/log/syslog
Observe que isso não é um erro:
InnoDB: Cannot allocate memory for the buffer pool
Este é o MySQL incapaz de reiniciar, mesmo que tente se recuperar depois de ser morto, porque <<> ainda não é 128 MB de memória livre no servidor, devido às crianças do Apache consumirem tudo.
Após a reinicialização, ninguém está conectado ao seu site, então o problema de memória desapareceu.
Veja link
Você precisa de mais memória, ou precisa executar o Apache e o MySQL em máquinas diferentes, ou precisa configurar o Apache para exigir menos memória sob carga.
E pelo amor de um que é bom e correto, nunca use mysqltuner ou algo parecido. Eles fazem suposições, dão maus conselhos e não são seus amigos. Deixe os valores padrão do MySQL como estão.