Não. O Ubuntu não afeta as operações do Windows. Você tem acesso à partição do Windows, tanto quanto a navegação e acessando manualmente os arquivos. Mas isso é muito semelhante a procurar arquivos em uma unidade de rede.
O Ubuntu não usa nenhuma parte da partição do Windows para sua operação.
Se você experimentar algo específico em relação ao Windows, você teria que lidar com o VIA executando o Windows e o ambiente do Windows, usando um canal de suporte do Windows. Você também pode deixar de fora a parte sobre a execução do Ubuntu, ele pode desviar a atenção do problema real, já que é completamente separado e não afeta a execução real do Windows.
Se, no processo de atualização ou reparo do Windows, você perder o Grub. Você pode ter que reinstalar o Grub. O gerenciador de inicialização é acidental e não afeta a execução real do sistema operacional. Apenas como isso começou.