Eu tenho um problema semelhante, mas não sei a causa. "Ocasionalmente" janelas ou diálogos de vários aplicativos criam conteúdo totalmente transparente, ou aplicativos de tela cheia têm o nome do aplicativo na barra superior, mas o restante da tela é totalmente transparente mostrando apenas o plano de fundo. Totalmente fechando e reabrindo o diálogo transparente ou aplicativo restaura completamente visível. Acho que não tenho nada definido para ser transparente e não consigo encontrar nenhuma configuração para isso.
Ocasionalmente acontece com nvidia-375 ou nvidia-378 com GTX 750 Ti ou GTX 1060. Mas estou rodando o 64-bit Ubuntu 16.10 porque 16.04 parecia apagar todo o texto durante a inicialização (BIOS splash e menu grub totalmente preto) até que algo (login gui ou Win7) exibe gráficos. O 16.04 inicializa bem em outros computadores mais antigos / mais recentes, mas eu não os executei por tempo suficiente para ver se eles exibem o raro problema de transparência da janela.
Eu encontrei uma configuração no CompizConfigSettingsManager que padronizou a taxa de atualização da tela 50 e mudei para 60. Mas terei que esperar para ver se a transparência aleatória da janela ainda acontece.