Você pode tentar o mkusb. Ele é feito para funcionar com todas as versões e sabores atuais do Ubuntu. Ele criará uma partição casper-rw automaticamente.
Eu li que devido a um erro nos scripts casper, o Ubuntu 15.10+ assume no momento da inicialização que a primeira partição é a partição de persistência e a segunda é a raiz.
Então, isso te leva ao shell initramfs antes do boot se você tentar seguir as guias, criando uma segunda partição com o rótulo casper-rw e excluir o arquivo casper-rw devido a restrições de tamanho de arquivo do FAT32.
A minha pergunta é, como posso criar uma partição de persistência no usb-stick (que é bem rápido) e inicializar o Ubuntu 16.04 sem ter caído no shell initramfs?
Você pode tentar o mkusb. Ele é feito para funcionar com todas as versões e sabores atuais do Ubuntu. Ele criará uma partição casper-rw automaticamente.