Nas caixas de diálogo padrão abrir / salvar, e no gerenciador de arquivos Nautilus, o processo é o mesmo ... clique no título da coluna para ordenar crescente / decrescente por essa coluna. Clicar no título da coluna uma segunda vez inverte sua classificação para cima / para baixo.
Se você não conseguir fazer isso, o aplicativo que você está usando pode usar seu próprio código especial de diálogo abrir / salvar que você não pode alterar.
atualização:
No gerenciador de arquivos Nautilus, para classificar e colocar pastas antes de arquivos individuais, abra uma janela do Nautilus, vá para o menu Preferências e selecione "Classificar pastas antes dos arquivos".