O problema não era sobre montagem ou links simbólicos. Descobri que, de alguma forma, meu arquivo ~/.config/user-dirs.dirs
continha entradas em branco para as subpastas padrão. Quando os defino para os valores corretos, desconectados e conectados novamente, as subpastas aparecem como antes.
Referências:
- Por que não posso excluir os "locais" padrão nos arquivos?
- link (o nome apropriado para as subpastas padrão de origem)