A instalação perguntará quando detectar arquivos de configuração que foram personalizados pelo usuário. Ele solicitará opções em branco que incluem manter sua versão personalizada, instalar a versão de distribuição ou ver a diferença entre as duas. Escolha o apropriado.
Uma atualização manterá sua configuração. Algumas das suas entradas /etc/apt/sources.list podem estar desativadas. E alguns aplicativos que você instalou podem não ser instalados após a atualização. Você pode voltar e examinar o arquivo sources.list e reativar os repositórios necessários. Em seguida, reinstale os aplicativos que não foram transferidos.
Em relação ao networkmanager, se você configurou sua rede editando o arquivo /etc/network/interfaces , o NetworkManager será desativado para essa interface específica.
Acredito que seja a versão 16.04 em que a nomenclatura padrão dos nomes de adaptadores de rede mudou do tipo eth0 , /eth1 , para um nome semelhante a enp1s0 . Basta olhar para os arquivos de configuração de rede (que permanecerão em progresso se você optar por manter sua versão) e substituir o nome do estilo antigo pelo nome do novo estilo.