Este é um problema de configuração de nginx
, e não de PHP / Magento.
O NGINX está tentando fazer uma lista de diretórios e não passar as coisas corretamente para o Magento no backend, eu acho.
É por isso que dá o erro - não é possível fazer uma listagem de diretórios do docroot porque você não ativou essa funcionalidade, e você provavelmente não precisaria se você a entregasse ao Magento corretamente e tivesse redirecionamentos, processamento, etc. corretos no lado do NGINX.