Isso está bem e completamente normal. O Python 2.xe o Python 3.x são completamente separados no sistema de arquivos.
Isso só se torna um problema se você ou uma biblioteca que você está usando, intencionalmente faz algo errado ao cruzar os caminhos. Contanto que você não altere a instalação padrão, você pode usar qualquer um deles. Para um novo código, geralmente é recomendado que você escreva apenas o código 3.x do Python.