De a referência do comando rosdep :
rosdep init
initialize rosdep sources in /etc/ros/rosdep. May require sudo.
rosdep update
update the local rosdep database based on the rosdep sources.
Como rosdep update não é executado com sudo , ele não pode afetar o gerenciamento de pacotes de apt . rosdep init é executado com sudo . No entanto, a partir da descrição, não parece que toca apt .