O pacote Lightning parece ainda estar disponível como um pacote separado. Não tenho certeza, mas a decisão de não integrá-lo ao pacote Thunderbird poderia ser uma escolha consciente dos mantenedores do software do Ubuntu. Eu não estou mais executando o 14.04 LTS "Trusty", mas vejo o pacote neste sistema 16.04 LTS "Xenial" -
$ sudo apt-get install xul-ext-lightning
Uma pesquisa em packages.ubuntu.com mostra o pacote atualizado do Lightning IS disponível para a Trusty.