Com globbing estendido de globbing (que deve ser ativado por padrão, no Ubuntu)
$ shopt extglob
extglob on
deve ser possível usar o padrão glob !(*\(*\)*)
por exemplo. dado
$ tree
.
├── Folder 1 (2001)
├── Folder 2 (2008)
├── Folder 3
├── Folder 4 (1994)
├── Folder 5 (2005)
└── Folder 6
6 directories, 0 files
então
$ rm -ri !(*\(*\)*)
rm: remove directory 'Folder 3'? y
rm: remove directory 'Folder 6'? y
saindo
$ tree
.
├── Folder 1 (2001)
├── Folder 2 (2008)
├── Folder 4 (1994)
└── Folder 5 (2005)
4 directories, 0 files