Como disse bodhi.zazen, a limpeza não limpa as configurações do kdenlive no diretório inicial. Para redefinir as configurações, execute
rm ~/.kde/share/config/kdenliverc ~/.config/kdenliverc
(Será normal receber um erro informando que não existe tal arquivo ou diretório, porque o seu arquivo de configuração só será armazenado em um destes)
Além disso, se você tiver acesso ao kdenlive, há uma opção para redefinir as configurações com Configurações > Configurar o Kdenlive ... > Restaurar os padrões (na parte inferior da janela)