Isso pode responder à sua pergunta sobre as bordas invisíveis dos botões de opção e caixas de seleção (mas não a questão da VPN) Existe um problema semelhante aqui .
Estou usando o xfce4 em 16.04 (após a atualização de 14.04). Acho que tive o problema de caixa de seleção invisível antes em outra atualização. Para resolvê-lo desta vez, primeiro tentei cada tema em ordem, mas isso não mudou as coisas. Então eu fui para 'Appearance' (nos meus menus: Configurações - > Gerenciador de configurações - > Aparência - > Estilo.) Eu passei pelos vários estilos até atingir um estilo onde as caixas de seleção apareceram.
Note que eu já havia feito uma reinstalação do 'ubuntu-artwork' usando synaptic (só estou mencionando isso caso isso tenha mudado as coisas). O Synaptic ofereceu outros trabalhos de arte para que possa haver outros estilos e temas disponíveis que funcionem para você.