Eu fiz observações semelhantes com a partição do sistema (Lubuntu 14.04) em uma unidade USB (em vez de um sistema ativo). Não é sem problemas, infelizmente.
Muitos pendrives (USB2.0 em particular) são muito lentos em escrever e, mesmo que tenham uma velocidade decente ao gravar arquivos grandes, alguns podem ficar muito lentos com gravações dispersas de blocos pequenos (com sistemas de arquivos ext4 muitos blocos de 8k) estão escritas). O que acontece, então, é que a fila de gravação do sistema fica congestionada e os aplicativos ficam presos por um longo tempo até que as gravações terminem (é o estado mostrado como "Espera de E / S"), mesmo quando estavam escrevendo apenas alguns bytes. arquivo de log. Quando isso acontece, por exemplo, o aplicativo do painel, a área de trabalho inteira pode "congelar".
O que ajudou um pouco foi desativar o cache de disco no firefox e outras coisas que podem gravar muito no disco. Em um sistema padrão, infelizmente, muita coisa está gravando no disco o tempo todo.
Eu investiguei isso usando "iostat -x 1" (mostra o estado da E / S do disco em geral) e "iotop". Este último auxilia na identificação de processos que gravam muito no disco.
Eu também brinquei com diferentes agendadores de disco e suas configurações, mas isso não ajudou muito, então não vou entrar em detalhes aqui.
Na verdade, eu tinha duas unidades USB 3.0 baratas (ish) que morreram devido a esse tipo de uso depois de alguns meses ou um ano, aparentemente elas não foram feitas para serem gravadas em muito (a memória flash vai se desgastar escrita, em particular se o sistema de arquivos não for otimizado para flash).
A única coisa que realmente ajudou foi a obtenção de uma boa unidade USB de alta qualidade que pudesse suportar a carga de gravação. O que você quer procurar, em particular, é um desempenho de gravação decente (pelo menos vários MB / seg) para tamanhos de bloco pequenos (8K). Agora estou usando um SanDisk Extreme USB 3.0 de 32MB, que aparentemente usa um controlador SSD - otimização muito mais sofisticada / nivelamento de desgaste e melhor desempenho de gravação que as unidades USB usuais. Ele também tem algum suporte SMART limitado, então pelo menos ele não falhará sem aviso se você estiver de olho nele. Eles são geralmente muito caros, mas eu encontrei alguns 'refurb' relativamente baratos no ebay chinês. Não pretendendo um plug comercial aqui, provavelmente há outros com desempenho similar.
Outra opção pode ser usar f2fs ("sistema de arquivos amigável ao flash") na partição do sistema, mas eu não tentei ou investiguei isso.