Uma maneira seria obter o GoPro VR Player, que atualmente está disponível gratuitamente em um pacote deb aqui . versão mais recente disponível para Linux é 2.3.1 - 2017-05-19 que é distribuído sob v.2.1 ou qualquer versão posterior da GPL a sua opção é construído na libvlc. Esta versão não parece exigir a marcação com qualquer configuração para obter bons resultados. Você pode alternar a tela inteira simplesmente pressionando F e, embora os vídeos iniciem a divisão do ponto morto, simplesmente pressionando a tecla < - ou - > ou selecionando Câmara - > Esquerda ou Direita no menu lhe dará uma visão 2D do vídeo 3D.
Testado no kernel do Ubuntu 16.04.3 4.4.0-112