Parece que você não tem todos dos pacotes de componentes libfftw3 instalados - talvez porque você tenha instalado libfftw3-single3 e libfftw3-double3 em vez do pacote completo de desenvolvimento libfftw3-dev .
Tente (re) instalar o libfftw3-dev
sudo apt install --reinstall libfftw3-dev
e se isso não funcionar, tente instalar os subpacotes diretamente
sudo apt install --reinstall libfftw3-long3 libfftw3-single3