Todas as configurações e configurações do aplicativo são armazenadas na pasta / home /. Se você não formatar o disco, tudo permanecerá lá. Se você formatar o disco, Copie / pasta home em um usb externo e depois de instalar o ubuntu paste / home em / home. Quanto aos aplicativos e executáveis, é melhor
sudo apt install <app name>
eles. Caso contrário, se você copiar, cole-os para restaurá-los também, você poderá quebrar algo novamente.