Eu tropecei em duas soluções possíveis. No menu do Whisker, digite "xfconf" e abra o editor de Configurações, desça até "xfwm" à esquerda e depois na tabela principal
- desabilite
zoom_desktop
- agora você pode alt + mousescroll na barra de título da janela que deseja que seja transparente
ou
- habilite
horiz_scroll_opacity
- agora você pode usar mousescroll-sideways na barra de título da janela que você quer que seja transparente (eu prefiro isso, assim eu ainda posso fazer alt-scrolling para zoom, se eu precisar disso)