Acho que a maioria das ferramentas para criar uma unidade USB pressupõe que o cartão de memória USB é bom. Pelo menos é o caso do mkusb (e obviamente também das ferramentas que você está tentando usar).
1. Limpar todo o dispositivo pode ajudar se as células de memória puderem ser realocadas após a limpeza.
Você pode tentar "limpar todo o dispositivo" com mkusb e, depois disso, tentar com sua (s) ferramenta (s) para criar um sistema de instalação USB no cartão de memória novamente. (O processo de realocação não é nada que possamos gerenciar. Existe um processador interno no cartão de memória USB e ele faria isso automaticamente, se possível).
2. ext4
Uma alternativa é criar uma partição com o sistema de arquivos ext4 no cartão de memória e executar o seguinte comando no linux para marcar os clusters defeituosos, para que o sistema de arquivos possa evitar usando-os.
sudo e2fsck -cf /dev/sdxy
em que x é a letra da unidade (a ou b ou c ...) e y é o número da partição (1 ou 2 ou 3 ...). No seu caso, pode ser / dev / sdb1, a primeira partição da segunda unidade. Se esta operação for bem-sucedida, você receberá um cartão de memória USB, que pode ser usado para armazenamento por sistemas Linux. Também será possível instalar o Ubuntu nele (instalado como em uma unidade interna). Mas esta não é uma unidade de instalação USB, que pode instalar o Ubuntu em outro sistema.
3. NTFS
Outra alternativa seria criar uma partição com o sistema de arquivos NTFS no cartão de memória e executar o seguinte comando no Windows para marcar os clusters defeituosos, para que o sistema de arquivos possa evite usá-los.
chkdsk /r X:
em que X: é a letra da unidade (letra do volume) da partição de destino, conforme vista do Windows. Se esta operação for bem-sucedida, você receberá um cartão de memória USB, que pode ser usado para armazenamento por sistemas Linux e Windows, mas não ajuda os instaladores que precisam de um sistema de arquivos FAT32.
4. O FAT32 pode corrigir todo o caminho neste caso em particular
Finalmente, você pode criar uma partição com o sistema de arquivos FAT32 no cartão de memória e executar o seguinte comando no Windows para marcar os clusters defeituosos, para que o sistema de arquivos evite usar eles.
chkdsk /r X:
em que X: é a letra da unidade (letra do volume) da partição de destino, conforme vista do Windows. Se esta operação for bem-sucedida, você receberá um memory stick USB, que pode ser usado para armazenamento por sistemas Linux e Windows, e ajudará instaladores, que usam um sistema de arquivos FAT32 criado anteriormente, por exemplo Unetbootin . Então, isso pode ser possível para você, se o problema for 'apenas' algum setor defeituoso no pen drive USB, alias pendrive.
5. Veja o link a seguir para mais detalhes,
Reparar a tabela de partições e o sistema de arquivos de um pendrive