Ok, antes de tudo, especialmente em servidores de produção, você deve ter apenas as listas de fontes que realmente precisa. Todo o resto deve ser removido.
Em seguida, todas as listas de fontes que você fornecer devem fornecer trusted packages, e a maneira de verificar isso é fácil - todos os pacotes fornecidos são assinados por quem os fornece. Seu sistema possui chaves que podem verificar a assinatura do pacote. Essas chaves podem ser visualizadas com apt-key list . Você não tem uma chave para http://download.owncloud.org/download/repositories/stable/Ubuntu_16.04 . Vi que a chave Owncloud expirou há poucos meses e eles lançaram uma nova. Você pode obtê-lo em http://download.owncloud.org/download/repositories/stable/Ubuntu_16.04/Release.key . Faça o download wget ... e importe-o com apt-key add <filename> . Execute apt-get update para atualizar seu cache.
Próximo - você está perguntando como mascarar um pacote de ser atualizado. Isso pode ser feito com sudo apt-mark hold package_name . Espero que ajude você.