você pode usar um programa chamado xclip . para instalar o tipo
sudo apt-get install xclip
e depois faça
pwd | xclip - que copia a saída de pwd para xclip
agora para obter o tipo de saída
xclip -o
ou para copiar para a área de transferência "padrão" (para evitar ter que usar xclip -o )
pwd | xclip -selection clipboard
para mais opções use
man xclip